Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej jest ważnym, znanym, sakralnym, zakopiańskim punktem. Mieści się na Krzeptówkach, 4 km od centrum i opiekują się nim księża pallotyni. Początki tego sanktuarium maryjnego sięgają 1951 roku, kiedy ludzie zaczęli modlić się w kaplicy na cześć Matki Bożej z Fatimy, w której obecnie znajduje się figura podarowana przez prymasa Stefana Wyszyńskiego.

Kościół pod Jej wezwaniem, w formie jaką dzisiaj znamy, został wybudowany dopiero w latach 1987-1992, jako dar od ludzi, dziękujących Matce Bożej za uratowanie życia Ojca Świętego po zamachu w 1981 roku. Ciekawostką jest, iż w ścianach świątyni wmurowany został papieski różaniec, jego zdjęcie, a także pod każdą cegłą w fundamencie jest Cudowny Medalik. Na terenie Sanktuarium znajduje się również Park Fatimski z ołtarzem, przy którym Papież odprawił Mszę pod Krokwią w 1997 roku i Kapliczka Jana Pawła II, upamiętniająca jego śmierć.